มูลนิธิธรรมกาย จัดตั้งขึ้นตั้งแต่ปี พ.ศ. 2513 เดิมใช้ชื่อว่า "มูลนิธิธรรมประสิทธิ์" โดยจดทะเบียนเป็นนิติบุคคล ณ กระทรวงมหาดไทย เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม พ.ศ. 2513 เมื่อสร้างวัดพระธรรมกายเสร็จได้ขอแก้ไขเอกสาร เปลี่ยนชื่อเป็น "มูลนิธิพระธรรมกาย" เมื่อวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2525 ณ ศาลากลางจังหวัดปทุมธานี และเพื่อไม่ให้สับสนกับชื่อวัด จึงจดทะเบียนเปลี่ยนแปลงชื่อจาก มูลนิธิพระธรรมกาย เป็น "มูลนิธิธรรมกาย" โดยได้รับอนุญาตจากสำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ ตามหนังสือที่ ศธ 1304/6088 ลงวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2528
มูลนิธิธรรมกายจัดเป็นองค์กรการกุศลที่ไม่แสวงหาผลกำไร (NPO) และองค์กรพัฒนาเอกชน (NGO) ที่เป็นสมาชิกองค์การสหประชาชาติที่มีหน้าที่ในการส่งเสริมกิจกรรมต่างๆด้านสันติภาพ การศึกษา วัฒนธรรม สังคมสงเคราะห์ การปฏิบัติธรรม โดยได้จัดกิจกรรมต่างๆควบคู่กับวัดพระธรรมกายมาตลอด